Molecular modeling Laboratory (Laboratorio de modelado molecular)

Patentes

2011-05-23T09:32:00.000-07:00

Solicitudes
1.- Derivado del ácido valproico con potencial acción antineoplásica, inhibidor de la histona desacetilasa.

Sitios web de interes en Modelado molecular

2008-05-01T18:08:00.000-07:00

http://biunit.naist.jp/homcos/hetdim.html
http://autodock.scripps.edu/
www.ks.uiuc.edu/Research/namd
http://www.nmr.chem.uu.nl/haddock/
http://www.gaussian.com/
http://swissmodel.expasy.org/

Last two Grants (Proyectos apoyados actualmente)

2007-07-05T06:28:00.000-07:00

5.-CONACYT Ciencia básica (132353). Diseño y evaluación computacional de derivados del ácido valproico para la síntesis y determinación de su efecto antineoplásico
Fundación Miguel Alemán A. C., Diseño y evaluación de derivados del ácido valproico para la síntesis y determinación de su efecto antineoplásico.
4.-ICyTDF (PIRIVE09-9): Estudios evolutivos y construcción de modelos en 3-D de la neuraminidasa del virus de la gripe A h1n1 para el análisis de nuevos fármacos antivirales y la identificación de epítopos inmunogénicos a ser usados como potenciales vacunas. El proyecto es en colaboración con el Dr Mirko Zimic Nicolini (Universidad Peruana Cayetano Heredia, Peru, Lima y la Dra M. Ángeles Muñoz Fernández, Fundación para la Investigación Biomédica del Hospital Gregorio Marañon, Madrid, España1.
3.-SIP-IPN (20100295) Diseño, síntesis y modelado molecular de compuestos con potencial uso farmacológico.
2.-SIP-IPN (20090618. Diseño, síntesis y modelado molecular de compuestos con potencial uso farmacológico.)
1.-CONACYT (62488): STUDIO DE LA ACTIVIDAD ANTI-COLINESTERASICAS
DE ISOIMIDAS MONOSUSTITUIDAS MEDIANTE
DOCKING, IN VITRO Y EX VIVO
.

Scientific Associations member (miembro de sociedades)

2007-03-30T18:05:00.000-07:00

American Chemical society
Western Pharmacology Society

Web-site related (Sitios web de interes)

2006-11-30T07:49:00.000-08:00

http://farmaenlineaesm.blogspot.com
http://www.ipn.mx
http://masterbioinformatica-josecorrea.blogspot.com/
http://www.esm.ipn.mx
http://www.sip.ipn.mx
http://www.conacyt.mx
http://portal.salud.gob.mx/sites/salud/descargas/pdf/ss_2008.pdf (Servicio Social en Investigacion).

LINEAS DE INVESTIGACION (RESEARCH FIELD)

2006-11-22T19:35:00.000-08:00

1.- Síntesis de compuestos (Synthesis of compounds).
2.- Ensayos "in vitro" de inhibidores de acetilcolinesterasa (Assays in vitro as cholinesterase inhibitors).
3.- Evaluación de analgesicos en modelo animal (Analgesic models).
4.- Ensayos "in vitro" de inhibidores de la beta-lactamasa (Assays in vitro on beta-lactamase).
5.- Síntesis y evaluación antineoplásica de nuevos compuestos (Anti-neoplasic drugs).
6.- Simulaciones por docking y química cuántica de proteínas y ligandos (Biological simulation by docking, quamtum chemystry and molecular dynamics).
7.- Amikacina y rádicales libres (Amikacin and free radicals).
8.- Cadmio y rádicales libres (Cadmiun and free radicals).
9.- Evaluación de metabismo de fármacos por CYP450 (Drug biotransformation by P450).
10.- Evaluación de agonistas de receptores beta2 (Beta-2 adrenergic receptors).
11.- Evaluación de agonistas de receptores a vasopresina (Vasopresin receptors).
12.- Anti-oxidantes en modelo animal de la enfermedad Inflamatoria Intestinal (Free radical scaveners in animal model diseases)

Students (Estudiantes)

2006-11-20T15:48:00.000-08:00

1.- Marlet Martínez Archundia. Estudio de GPCRs de la familia A por medio de modelado molecular y ensayos de binding. Posdoctorado Enero-Diciembre 2012.
2.- SIXTO LOPEZ,YUDIBETH. Diseño computacional, síntesis y evaluación biológica de inhibidores bifuncionales de la histona desacetilasa 8 con acción dual sobre el sitio catalítico e hidrofóbico. M en C en Farmacología de la ESM-IPN.
3.- Midalia Denisse Arias Vergara. Diseño computacional,síntesis y evaluación antineoplásica de compuestos multifuncionales inhibidores de Histona Desacetilasa, Ornitin Descarboxilasa y Topoisomerasa ll alfa. M en C en Farmacología de la ESM-IPN.
4.- Ian Ilizaliturri , (Doctorado en Biotecnología IPN). Title of thesis: Protein unfolding by experimental and molecular dynamic simultion of BCL-2.
5.- Margarita Virginia Saavedra Velez , (Doctorado en Investigación en Medicina, ESM-IPN). Title of Thesis: Syntesis and in silico and in vivo evaluation of benzodiacepine analogues.
6.- Jorge Luis Rosas Trigueros , (Doctorado en Biotecnología IPN). Title of thesis: Protein unfolding by experimental and molecular dynamic simultion of BAX.
7.- Citlalli Barrera mendoza , (Doctorado en Ciencias Biológicas, Universidad Autonoma de Aguascalientes: Title of thesis: Syntesis, theoretical and experimental evaluations of vasopresin antagonists.
8.- Aracely L. Ramírez Duran. (Doctorado en Investigación en Medicina, ESM-IPN). Title of Thesis: Syntesis and and biological evaluation of myeloperoxidase inhibitors.

Thesis (Tesis dirigidas)

2006-11-20T15:06:00.000-08:00

1. Hernández Rodríguez Maricarmen. Evaluación in silico e in vitro del efecto que ejerce el Cu2+ en el proceso de oligomerizacion del A 42. Licenciatura en Medicina, ESM-IPN, 2011.
2. Jorge Bermudez Lugo. Síntesis y evaluación in silico e in vitro de derivados del acido valproico como antineoplásicos. Maestría en Ciencias en Farmacología de la SEPI-ESM-IPN, 2011.
3. Reyes Loyola Paola Kinara. Análisis y búsqueda in-sílico de epítopes de la neuraminidasa del virus de la influenza AH1N1 circulantes en población Mexicana para el diseño racional de vacunas. Licenciatura en Medicina, ESM-IPN, 2011
4. Oscar Nardo Fernández. Cambios histonorfológicos que se presentan por el consumo de ciclopentolato, alcohol y benzodiacepinas en humanos y ratones CD1. Especialidad en Medicina Forense. SEPI-ESM-IPN, 2010
5. Jaime Cruz Huerta. La hemorragia cerebral no traumática; aval de la muerte súbita. Especialidad en Medicina Forense. SEPI-ESM-IPN, 2010.
6. Víctor Manuel Ríos Dávila. Inducción de radicales libres mediante exposición a cadmio en cerebro de rata. Licenciatura en Medicina, ESM-IPN, 2010
7. Alejandra Tepox Padrón. Daño neuronal inducido por cadmio para generar un modelo de Alzheimer. Licenciatura en Medicina, ESM-IPN, 2010
8. Alfa Nayeli Areli Serrano Nieves. Efecto de las especies reactivas de oxigeno producido por el péptido beta-amiloide y cobre sobre la actividad catalítica de la acetilcolinesterasa in vitro. Licenciatura en Medicina, ESM-IPN, 2010.
9. Roberto Issac Cuevas Hernández, Estudio teórico computacional de los sitios de reconocimiento entre análogos del anhídrido isatoico y la enzima serina proteasa factor D., Químico Farmacéutico Biólogo. FACULTAD DE QUÍMICA FARMACÉUTICA BIOLÓGICA, Universidad Veracruzana, (2010).
10. Flor de Yohana Flores Hernández. Evaluación de la eficacia en el tratamiento de neoplasias de un producto herbario. Maestría en Ciencias de la Salud, SEPI-ESM-IPN, (2010).
11. Aracely Leticia Ramírez Duran. Síntesis y evaluación de derivados del ácido 5-aminosalicílico como inhibidores de la mieloperoxidasa y estabilizadores de rádicales libres. Maestría en Ciencias en Farmacología, SEPI-ESM-IPN, 2009.
12. Arianna Scarlett Rosendo Villalobos. Síntesis de derivados del acido antranílico y sus propiedades como antagonistas a receptores de vasopresina. Maestría en Ciencias en Farmacología, SEPI-ESM-IPN, 2009.
13. José Edgar Enciso Castañeda. Identificación de infarto agudo al miocardio con la técnica de cloruro de trifeniltetrazolio. Especialidad en Medicina Forense, SEPI-ESM-IPN, 2009.
14. Jorge A. Bermudez Lugo. Diseño de Inhibidores de Acetilcolinesterasa Asistido por Métodos Computacionales: Modelado por Homología, Docking y Dinámica Molecular. Licenciatura en Medicina, ESM-IPN, 2009.
15. Marvin A. Soriano Ursua. Diseño, síntesis y evaluación químico-farmacodinámica de compuestos con acción sobre el receptor beta-2 adrenérgico. Maestría en Ciencias en Farmacología, SEPI-ESM-IPN, 2009.
16. Gema Lizbeth Ramírez Salinas, Estimación del efecto toxico agudo de 3 amidas derivadas de anilinas, Universidad Veracruzana (2008).
17. Leticia Araceli Ramírez Durán. Nuevos apagadores de radicales libres derivados del ácido 5-aminosalicílico con uso potencial en la enfermedad inflamatoria intestinal. ESM-IPN (2008).
18. Teresa López Falfán. Estudio computacional de los sitios de reconocimiento entre el anhídrido isatoico y dos de sus análogos con la enzima serina proteasa (factor D). Universidad Veracruzana (2008).
19. Erika María García Segovia. Docking de la anonacina y 5 análogos sobre la NADH-quinona-oxidorreductasa, Universidad Veracruzana (2008).
20. Ian Ilizaliturri Flores. Estudio de procesamiento paralelo computacional aplicado a células del sistema inmunológico. Maestría en Ciencias en Tecnología de Cómputo, CIDETEC-IPN (2007).
21. Cristina Bautista Ramos. Relación estructura-actividad de amidas arílicas con grupos funcionales electrodonadores y electroactractores sobre acetilcolinesterasa. Licenciatura (QFI, ENCB, IPN) (2006).
22. Juan romero huerta. Farmacocinética oral del borato de r-ariletilamina en conejo, (M en C en farmacología, ESM, IPN,) (2006).
23. Ortega Leggs Vanessa de Jesús. Búsqueda de nuevos inhibidores de
β-lactamasa por docking, síntesis y evaluación microbiologica del mejor. Químico Farmacéutico Industrial. Escuela Nacional de Ciencias Biológicas-IPN. Licenciatura, proyecto de titulación. (QFI-ENCB, 2006).

Articles (articulos publicados)

2006-11-20T14:38:00.000-08:00

Artículos publicados (Factor de inpacto ISI, citas). (articles and impact factor of the Journal according to JCR)

1. Mirthala Flores-García Q, Juan M. Fernández-G, Mireille León-Martínez, Simón Hernández-Ortega, Oscar Pérez-Méndez, José Correa-Basurto, Elizabeth Carreón-Torres, Luis E. Tolentino-López, Guillermo Manuel Ceballos-Reyes, Aurora de la Peña-Díaz. The structures and inhibitory effects of Buame [N-(3-hydroxy-1,3,5(10)-estratrien-17b-yl)-butylamine] and Diebud [N,N0-bis-(3-hydroxy-1,3,5(10)-estratrien-17b-yl)-1,4-butanediamine] on platelet aggregation. Stereoids (2012) in press (3.1, 0).
2. Marvin A. Soriano-Ursúa, Daniel A. McNaught-Flores, Gustavo Nieto-Alamilla, Aldo Segura-Cabrera, José Correa-Basurto, José A. Arias-Montaño, José G. Trujillo-Ferrara. Cell-based and in-silico studies on the high intrinsic activity of two boron-containing salbutamol derivatives at the human β(2)-adrenoceptor. Bioorg Med Chem 2012, in press (2.978, 0).
3. Yazmín K.Márquez-Flores, Ma. Elena Campos-Aldrete, Héctor Salgado-Zamora, Jose´ Correa-Basurto, Ma. Estela Mele´ndez-Camargo. Acute and chronic anti-inﬂammatory evaluation of imidazo[1,2-a]pyridine carboxylic acid derivatives and docking analysis Med Chem Res DOI 10.1007/s00044-011-9870-3 (1.03, 0).
4. Aldo Segura-Cabrera, Virgilio Bocanegra-García, Cristian Lizarazo-Ortega, Xianwu Guo, Jose´ Correa-Basurto, Mario A. Rodríguez-Pérez A computational analysis of the binding mode of closantel as inhibitor of the Onchocerca volvulus chitinase: insights on macrofilaricidal drug design. J Comput Aided Mol Des 25 (2011): 1107-1119 (3.374, 0)
5. Jorge Luis Rosas-Trigueros, José Correa-Basurto, Claudia Guadalupe Benítez-Cardoza, Absalom Zamorano-Carrillo. Insights into the structural stability of Bax from molecular dynamics simulations at high temperaturas. Protein Sci. 20 (2011): 2035-46. (2.74, 0).
6. Jorge Antonio Bermúdez-Lugo, Oscar Perez-Gonzalez, Martha Cecilia Rosales-Hernández, Ian Ilizaliturri-Flores, José Trujillo-Ferrara, Jose Correa-Basurto. Exploration of the valproic acid binding site on histone deacetylase 8 using docking and molecular dynamic simulations. J Mol Model 2011, in press. (2.33, 0).
7. M.A. Soriano-Ursúa, T. Mancilla-Percino, J. Correa-Basurto, E. Querejeta, J.G. Trujillo-Ferrara, Give Boron a Chance: Boron Containing Compounds Reach Ionotropic and Metabotropic Transmembrane Receptors Mini Rev Med Chem, 11 (2011), 1031-1038 (2.62, 0).
8. J S Durand-Niconoff, L Cruz-Kuri, MH Matus, J Correa-Basurto, J S Cruz-Sánchez, F R Ramos-Morales. Relationship between global indices of reactivity, electrodonating anhydride derivatives and electroaccepting powers, and the hammet constant in isatoic. J. Chem. Sci. 2011. In press. (1.075, 0).
9. Moreno-Vargas L, Correa-Basurto J, Maroun RC, Fernández FJ. Homology modeling of the structure of acyl coA:isopenicillin 5 N-acyltransferase (IAT) from Penicillium chrysogenum. IAT6 interaction studies with isopenicillin-N, combining molecular7 dynamics simulations and docking. J Mol Model (2011). DOI 10.1007/s00894-011-1143-z. (2.33, 0).
10. Soriano-Ursúa MA, Ocampo-López JO, Ocampo-Mendoza K, Trujillo-Ferrara JG, Correa-Basurto J. Theoretical study of 3-D molecular similarity and ligand binding modes of orthologous human and rat D2 dopamine receptors. Comput Biol Med. 41 (2011): 537-545. (1.26, 0)
11. Ramírez-Galicia G, Garduño-Juárez R, Correa-Basurto J, Deeb O.. Exploring QSARs for inhibitory effect of a set of heterocyclic thrombin inhibitors by multilinear regression refined by artificial neural network and molecular docking simulations. J Enzyme Inhib Med Chem. 2011; in press. (1.49, 0)
12. Mendieta-Wejebe JE, Correa-Basurto J, García-Segovia EM, Ceballos-Cancino G, Rosales-Hernández MC. Molecular Modeling Used to Evaluate CYP2C9-Dependent Metabolism: HomologyModeling, Molecular Dynamics and Docking Simulations. Curr Drug Metab. 12 (2011): 533-48. (3.98 0)
13. Márquez-Flores, Y.K., Campos-Aldrete, Ma.E.,Salgado-Zamora, H., Correa-Basurto, J.,Meléndez-Camargo, Ma.E. Docking simulations, synthesis, and anti-inflammatory activity evaluation of 2-(N-alkyl)amino-3-nitroimidazo[1,2-a]pyridines. Med Chem Res 2011, in press. (1.03, 0)
14. Bermúdez-Lugo JA, Rosales-Hernández MC, Deeb O, Trujillo-Ferrara J, Correa-Basurto J. In Silico Methods to Assist Drug Developers in Acetylcholinesterase Inhibitor Design. Curr Med Chem. 18 (2011): 1122-36. (4.70, 0).
15. José Trujillo-Ferrara, Rafael Campos-Rodríguez, Eleazar Lara Padilla, Daniel Ramírez-Rosales, José Correa Basurto, Angel Miliar Garcia, Humberto Reyna Garfias, Rafael Zamorano Ulloa, Martha C. Rosales-Hernández. Caloric restriction increases free radicals and inducible nitric oxide synthase expression in mouse infected with S. typhimurium. Biosci Rep. 31 (2011):273-82. (3.06, 1)
16. Soriano-Ursúa MA, Correa-Basurto J, Trujillo-Ferrara JG, Kaumann AJ. Homology model and docking studies on porcine β2 adrenoceptor: description of two binding sites J Mol Model, 17 (2011), 2525-2538. (2.33, 0).
17. López-Martínez, M., Salgado-Zamora, H.,Campos-Aldrete, Ma.E., Trujillo-Ferrara, J.G.,Correa-Basurto, J., Mexica-Ochoa, C. Effect of the lipophilic parameter (log P) on the anti-parasitic activity of imidazo[1,2-a]pyridine derivatives. Med Chem Res, 2010. In press 1-6. (1.03, 0)
18. Jesús Servando Medel Matus1, Fernando Rafael Ramos Morales,
José Correa Basurto, Jesús Samuel Cruz Sánchez,
Margarita Virginia Saavedra Vélez, Vicente Velásquez Melgarejo. Participación de los canales de calcio dependientes de voltaje en el desarrollo de la epilepsia. Acta Bioquím Clín Latinoam 44 (2010), 329-335 (0.044, 0)
19. Martha C. Rosales-Hernández, Jessica E. Mendieta-Wejebe, José G. Trujillo-Ferrara, José Correa-Basurto. Homologymodeling andmolecular dynamics of CYP1A1 and CYP2B1 to explore themetabolismof aryl derivatives by docking and experimental assays Eur J Med Chem, 45 (2010), 4845- 4855 (3.26, 1)
20. Marvin A. Soriano-Ursúaa, José Correa-Basurto, Ignacio Valencia-Hernández, Marcos A. Amezcua-Gutiérrez, Itzia I. Padilla-Martínez, José G. Trujillo-Ferrara. Design, synthesis and in vitro evaluation of (R)-4-(2-(tert-butylamino)-1-hydroxyethyl)-2-(hydroxymethyl)phenyl hydrogen phenylboronate: a novel
salbutamol derivative with high intrinsic efficacy on the b2-adrenoceptor. Bioorg Med Chem Lett. 20 (2010), 5623- 5629. (2.65, 0)
21. Mancilla-Percino T, Correa-Basurto J, Trujillo-Ferrara J, Ramos-Morales FR, Acosta Hernández ME, Cruz-Sánchez JS, Saavedra-Vélez M. Molecular modeling study of isoindolines as L-type Ca(2+) channel blockers by docking calculations. J Mol Model. 16 (2010). 1377-1382 (2.33, 0)
22. Omar Deeb, Martha Cecilia Rosales-Hernández, Carlos Gómez-Castro, Ramón Garduño-Juárez, José Correa-Basurto. Exploration of Human Serum Albumin binding sites by Docking and Molecular Dynamics flexible ligand-protein interactions. Biopolymers 93 (2010), 161-170. (2.60, 7)
23. Marvin A. Soriano-Ursúa, José G. Trujillo-Ferraraa, and José Correa-Basurto. Scope and difficulty in generating theoretical insights regarding ligand recognition and activation of the ß2 adrenergic receptor. J Med Chem 53 (2010), 923-922. (5.20, 3)
24. Marvin Antonio Soriano-Ursúa, Jose Correa-Basurto, Juan Romero-Huerta, Octavio Elizalde-Solis,Luis Galicia-Luna, and Jose Guadalupe Trujillo-Ferrara. Pharmacokinetic parameters and a theoretical study about metabolism of BR-AEA (a salbutamol derivative) in rabbit. J Enz Inh Med Chem 25 (2010) 340-346. (1.49, 0)
25. Marvin A. Soriano-Ursúa, José G. Trujillo-Ferrara, José Correa-Basurto. Docking studies on a refined human beta2 adrenoceptor model yield theoretical affinity values in function with experimental values for R-ligands, but not for S-antagonists. J Mol Model 16 (2010) 401-409. (2.33, 4)
26. Jesús Antonio Alvarez Cedillo, Gustavo Martínez Romero, J Correa-Basurto. Trends ,Performance and General operation of the Graphic Processing Unit. Journal of Theoretical and Applied Information Technology 7 (2009) 129-138. (0, 0)
27. Marvin A. Soriano-Ursúa, José G. Trujillo-Ferrara, José Correa-Basurto. Homology modeling and flex-ligand docking studies on the guinea pig beta-2 adrenoceptor: structural and experimental similarities/differences with the human beta-2. J Mol Model 15 (2009) 1203-1211. (2.33, 0)
28. Teresa Mancilla Percino, José Correa Basurto, Karla S. Alavés Carbajal, Nagchielli Valle-Sandoval, and José Trujillo Ferrara. Molecular modeling study of isoindolines as lipoxygenase by docking simulations. J Mex Chem Socc 53 (2009) 1-6. (0.32, 0)
29. Marvin A. Soriano-Ursúa, Ignacio Valencia-Hernández, Mónica G. Arellano-Mendoza, José Correa-Basurto, José G. Trujillo-Ferrara. Synthesis, pharmacological and in silico evaluation of 1-(4-di-hydroxy-3,5-dioxa-4-borabicyclo[4.4.0]deca-7,9,11-trien-9-yl)-2-(tert-butylamino)ethanol, a compound designed to act as a β2 adrenoceptor agonist. Eur J Med Chem 44 (2009), 2840-2846. (3.26, 2)
30. Rosales-Hernandez Martha C., Bermúdez-Lugo J, Garcia Jazmin, Trujillo-Ferrara j, Correa-Basurto J. Molecular modeling applied to anti-cancer drug development. Anticancer Agents Med Chem 9, (2009), 230-238. (3.14, 4)
31. Correa-Basurto J, Rodríguez-Páez L, Aguilar-Moreno E. S., López-Sánchez P, Espinoza-Fonseca L.M., Wong C., Trujillo-Ferrara J. Computational and experimental evaluation of ornithine derivatives as ornithine decarboxylase inhibitors. Med Chem Res 18 (2009), 20-30. (1.03, 3)
32. Ramos-Morales, R., Durand-Niconoff, J.S., Correa-Basurto, J.,
Meléndez-Bustamante, F.J., Cruz-Sánchez, J. S.Theoretical study of reactivity based on the hard-soft/acid-base (HSAB) in isatoic anhydride and some derivatives. J Mex Chem Socc 53 (2008), 241-248. (0.32, 1)
33. Jorge Aburto, Jose Correa-Basurto, Eduardo Torres. Atypical kinetic behavior of chloroperoxidase-mediated oxidative halogenation of polycyclic aromatic hydrocarbons. Arch Biochem Biophys. 480(2008)33-40. (3.04, 6)
34. Juan M. Araujo-Alvarez, José G Trujillo-Ferrara, Daniel Ponce-Franco, J. Correa-Basurto, Alfonso Delgado and Enrique Querejeta. (+)-(S)-Trujillon, (+)-(S)-4-(2,2-diphenyl-1,3,2-oxazabolidin-5-oxo)propionic acid, a Novel Glutamatergic Analog, Modifies the Activity of Globus Pallidus Neurons by Selective NMDA Receptors Activation. Chirality (2008), en prensa. (2.67, 0)
35. Jessica E. Mendieta-Wejebe, José Correa-Basurto, Juan M. Aceves, Daniel Ramirez-Rosales, José Trujillo-Ferrara, Rafael Zamorano-Ulloa, Martha C. Rosales-Hernandez. Catalytic Activity of Cytochrome P-450 using NADP+ Reduced by an Anionic Hydride Organosiloxane, Sci Pharm. 76 (2008) 241–257. (0, 1)
36. Jessica E. Mendieta-Wejebe, Martha C. Rosales-Hernández, R. Hulme, José Trujillo-Ferrara, Gilberto López-Pérez, Feliciano Tamay-Cach, Rafael Ramos-Morales, José Correa-Basurto. Comparing the electronic properties and docking calculations of heme derivatives on CYP2B4. J Mol Mod 14 (2008) 537-545. (2.33, 0)
37. R. Hulme, O.D.P. Zamora, E.J. Mota, M.A. Pastén, R. Contreras-Rojas, R. Miranda, I. Valencia-Hernández, J. Correa-Basurto, J. Trujillo-Ferrara and F. Delgado. Cyanamide: a convenient building block to synthesize 4-aryl-2-cyanoimino-3,4-dihydro-1H-pyrimidine systems via a multicomponent reaction. Tetrahedron 64 (2008) 3372-3380. (3.21, 8)
38. Jose Correa-Basurto, MC Rosales-Hernandez, Ramirez-San Juan Eduardo, Abigail Badillo, Z Gomez-Castro Carlos., LH Fabila-Castillo, Trujillo-Ferrara Jose. Synthesis and Theoretical Calculations of 5-Aminosalicylic Acid Derivatives as Potential Analgesic Agents. Med. Chem. 4 (2008); 25-29. (2.33, 0)
39. Alberto Guevara-Salazar, Michel Espinoza-Fonseca, Hiram I. Beltrán, José Correa-Basurto, Delia Quintana Zavala José G. Trujillo-Ferrara. The electronic influence on the active site-directed inhibition of acetylcholinesterase by N-aryl-substituted-succinimides J. Mex. Chem. Soc. 51 (2007); 222-227. (0.32, 1)
40. Trujillo-Ferrara J, Rosales-Hernández M. C., Correa-Basurto J, Homology modeling and blind docking approach studies of pig heart fumarase. J. Mex. Chem. Soc. 51 (2007); 145-150. (0.32, 0)
41. Teresa Mancilla, José Correa-Basurto, Karla S. Alavés Carvajal, Evelyn T. J. Sánchez Escalante, José Trujillo Ferrara. Theoretical Study of Isoindolines to Identify Them as Cyclooxigenase-1 and –2 Inhibitors by Docking Simulations. J. Mex. Chem. Soc. 51 (2007); 96-102. (0.32, 7)
42. J. C.-Basurto, J. Aburto, J. T.-Ferrara, E. Torres. Ligand recognition by chloroperoxidase using molecular interaction fields and quantum chemistry calculations. Mol. Simul. 33 (2007); 649-654. (1.02, 2)
43. José Correa-Basurto, César Flores-Sandoval, Jesús Marín-Cruz, Arturo Rojo-Domínguez, Michel Espinosa-Fonseca, and José Trujillo-Ferrara,,*Docking and quantum mechanic studies of cholinesterase inhibitors. Eur. J. Med. Chem. 42 (2007); 10-19. (3.26, 9)
44. M.C. Rosales-Hernández, J. Correa-Basurto, J. E. Mendieta-Wejebe, S. E. Avilés- Zepeda, E. Terres-Rojas and J. Trujillo-ferrara. Catalytic activity of acetylcholinesterase immobilized on mesoporous molecular sieves Int. J. Biol. Macromol. 40 (2007); 444-448. (2.36, 8)
45. Rosales-Hernández M C, Correa-Basurto J, Flores-Sandoval C, Marín-Cruz J, Torres E, Trujillo-Ferrara J. Theoretical study of heme derivatives under DFT calculations. J. Mol. Struc. TEOCHEM 804 (2007); 81-88. (1.22, 2)
46. J. Correa-Basurto, J. Espinosa-Raya, M. González-May, M. Espinoza-Fonseca, I. Vázquez-Alcántara, J. Trujillo-Ferrara, Inhibition of acetylcholinesterase by two arylderivatives, 3a-Acetoxy-5H-pyrrolo(1,2-a) (3,1)benzoxazin-1,5-(3aH)-dione and cis-N-p-Acetoxy-phenylisomaleimide, J. Enz. Inhib. Med. Chem. 21 (2006); 133-138. (1.49, 3)
47. J. Espinosa Raya, J. Correa-Basurto, J.I. Vázquez Alcántara, J. G. Trujillo-Ferrara. Effects of succinic acisd derivatives on acetylcholinesterase activity in mice brain. Chem-Biol. Inter. 157-158 (2005): 379-380. (2.45, 2)
48. Correa-Basurto José, Espinosa-Raya Judith, Vázquez-Alcántara Iván, Flores-Sandoval Cesar A, and Trujillo-Ferrara José. Ex vivo anticholinesterase activity of benzoic acid derivatives. Chem-Biol Inter. 157-158 (2005): 368-369. (2.45, 2)
49. J. Trujillo-Ferrara, J. Correa-Basurto, J. Espinosa, J. García, F. Martínez, R. Miranda, Solvent-Free Synthesis of Arylamides and Arylimides, Analogues of Acetylcholine, Synth. Comm., 35 (2005) 2017-2023. (0.96, 5)
50. José Correa-Basurto, Iván Vázquez Alcántara, L. Michel Espinoza-Fonseca and José G. Trujillo-Ferrara. p–Aminobenzoic Acid Derivatives as Acetylcholinesterase Inhibitors. Eur J Med Chem. 40 (2005) 732-735. (3.26, 7)
51. C.A. Flores-Sandoval, I.P. Zaragoza, V.F. Marañón-Ruiz, J. Correa-Basurto, J. Trujillo-Ferrara. Theoretical study of aryl succinic and maleic acid derivatives. J Mol Struct: THEOCHEM. 713 (2005) 127-134. (1.22, 4)

Citas (no autocitas)= 102

Arbitro de las revistas (Articles refereed to):
1. Bioorg. Med. Chem. Lett.
2. Med. Chem. Res.
3. Archiv. der. Pharmazie
4. Toxicol. Lett.
5.- J Mol Model
6.- Mol Simul
7.- Eur J Med Chem
8.- Journal of Chemical Theory and Computation.
9.- Revista Latinoamericana de Química
10.- PLoS ONE
11.- Currect Drug Metabolism

Miembro editorial (Editorial Advisory Board):
1.- Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry

FARMACOLOGIA COMPUTACIONAL

2006-11-20T14:28:00.000-08:00

Bienvenidos

El mecanismo de acción de muchos fármacos así como el catabolismo enzimático han sido estudiados y demostrados a través de una serie de técnica bioquimico-farmacológicas muy eficientes que día a día se van mejorando. Sin embargo, recientemente el modelado molecular ha traído consigo muchas herramientas que pueden explicar en tercera dimencion y con bases quimico-fisico-matematico y biologicos tales mecanismos.
Existen ciertas herramientas (predictores de sitios activos, simuladores de interacción entre moléculas, docking, y simuladores de interacción ácido base, orbítales frontera), que permiten predecir la interacción de moléculas pequeñas (agonistas, antagonistas, substratos, e inhibidores enzimáticos) sobre macromoleculas llamados receptores.
Con estos simuladores virtuales es posible explicar a nivel atómico y electronico la interacción entre moléculas permitiendo hacer predicciones a gran escala con el fin de encontrar fármacos con posibilidad terapéutica de una forma eficiente y económica.