Molecular modeling Laboratory (Laboratorio de modelado molecular): FARMACOLOGIA COMPUTACIONAL

lunes, 20 de noviembre de 2006

FARMACOLOGIA COMPUTACIONAL

Bienvenidos

El mecanismo de acción de muchos fármacos así como el catabolismo enzimático han sido estudiados y demostrados a través de una serie de técnica bioquimico-farmacológicas muy eficientes que día a día se van mejorando. Sin embargo, recientemente el modelado molecular ha traído consigo muchas herramientas que pueden explicar en tercera dimencion y con bases quimico-fisico-matematico y biologicos tales mecanismos.
Existen ciertas herramientas (predictores de sitios activos, simuladores de interacción entre moléculas, docking, y simuladores de interacción ácido base, orbítales frontera), que permiten predecir la interacción de moléculas pequeñas (agonistas, antagonistas, substratos, e inhibidores enzimáticos) sobre macromoleculas llamados receptores.
Con estos simuladores virtuales es posible explicar a nivel atómico y electronico la interacción entre moléculas permitiendo hacer predicciones a gran escala con el fin de encontrar fármacos con posibilidad terapéutica de una forma eficiente y económica.

Dr. Jose Correa Basurto (work group)

e-mail: corrjose@gmail.com tiene Maestría en Bioinformática (2007-2011), Universidad Internacional de Andalucia-España, Doctorado en Investigación en Medicina (2004-2006) ESM-IPN, Maestría en Farmacología (2002-2004) ESM-IPN, Medico Cirujano y Partero (1995-2002) ESM-IPN. Becario EDI (IX) COFAA-SIBE (IV), SNI (nivel 3). Fue coordinador Académico de la M en C en Farmacología del IPN (2010-2013), es Profesor de Farmacología, Química Medicinal, Bioinformática y Modelado Molecular. Premio a la mejor tesis de Licenciatura (2002) y de Posgrado (2007), premio a la investigación IPN 2002, premio Miguel Alemán AC en investigación 2010. Trabaja con Autodock3 y 4, Gaussian 98 y recientemente con NAMD y HADDOCK 2. (José Correa studied the Master Degree in Bioinformatic at Universidad Internacional de Andalucia-Espana, he studied PhD in Medicina research, MD in Pharmacology, BS Medicine, he is professor-research at ESM-IPN of Pharmacology and Medicinal Chemistry. He was Coordinator of the MD in Pharmacology at IPN, and he is working molecular modeling using Autodock, Gaussian, NAMD and HADDOCK programs). Servicios externos vía ESM-IPN: http://estudios-farmacologicos.blogspot.com/

Cluster to carried out molecular modeling

Initially use 2 clusters were built at ESM-IPN in colaboration with CIDETEC-IPN. They have 6 and 20 nodes (12-12 and 80-80 GB of RAM-processor, respectivelly) running in Linux (RedHat). Now we are working GPU-CUDA GTX-580 (5) and GTX-680 (5) increasing close to 5,000 (aprox) cores. They are used to simulate molecular dynamics of proteins (NAMD) and docking (Autodock 3 and 4). Aditionally, there are others computers used to run docking and quamtum mechanic calculations using AutoDock 3 and Gaussian 98 respectively.